Boğaziçili Bilim İnsanları Proteinlerin Dilini Yapay Zekayla Çözmek için Çalışacak
Boğaziçi Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Arzucan Özgür’ün liderliğinde sürdürülen “Yaşamın Dili” (LifeLU) projesiyle yaşamın temel yapı taşlarından olan proteinlerin dilinin, geliştirilecek yapay zekâ algoritmalarıyla çözülmesi hedefleniyor. Avrupa Araştırma Konseyi’nin saygın “Birleştirici Hibe Programı” kapsamına alınan proje başarılı olursa, kanser gibi hastalıkların daha iyi anlaşılabilmesi için bir zemin de oluşturacak.
Boğaziçi Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Arzucan Özgür ve ekibinin “Yaşamın Dilini Anlamak: Protein Dizilerindeki Dil Birimlerini Belirleme ve Karakterize Etme (LifeLU)” projesi Avrupa Komisyonu tarafından kurulan Avrupa Araştırma Konseyi’nin “Birleştirici Hibe Programı” kapsamına alındı.
Rekabetçi, saygın program tarafından yaklaşık 2 milyon Euro hibe desteği alacak projede, 20 çeşit temel amino asidin oluşturduğu protein dilinin, Boğaziçi Üniversitesi’nde geliştirilecek yapay zekâ algoritmalarıyla çözülmesi için çalışılacak.
“ÇIĞIR AÇICI BİR NİTELİĞE SAHİP”
Proteinlerin insan dili gibi anlaşılabilmesi için beş yıl boyunca yoğun çalışacaklarını belirten Doç. Dr. Arzucan Özgür, projenin çığır acıcı niteliğini şöyle anlatıyor:
“Proteinler yaşamı sürdüren biyolojik süreçlerde önemli rol oynuyor. Amino asit dizileri üç boyutlu moleküller olmalarına rağmen metinsel olarak da temsil edilebilir. Diğer bir ifadeyle protein dizileri, yaşamın dili olarak ifade edilen özel bir lisanla yazılmış metinler olarak düşünülebilir. LifeLU projesinin temel amacı -insan dillerindeki kelimeler gibi- proteinlerin en küçük anlamlı birimlerini ve bunların anlam ile işlevlerini tespit etmek için yenilikçi yöntemler geliştirmek ve yaşamın dilini daha iyi anlayabilmek için bir temel oluşturmak olarak özetlenebilir. Yüksek riskli bu proje, eğer başarabilirsek çığır acıcı bir niteliğe sahip. Avrupa Araştırma Konseyi’nin Birleştirici Hibe Programı’na seçilmesinin arkasından da bu zorlu yapısı yatıyor. Proje ekibimizde doktora öğrencilerimiz Gökçe Uludoğan, Burak Suyunu ve Enes Taylan da yer alıyor.”
“DİLİ ÇÖZERSEK KANSER GİBİ HASTALIKLARI DAHA İYİ ANLAYABİLİRİZ”
Bilim insanı, proteinlerin dilini çözmenin insanlar ile temel organik yapıları arasında bir dil köprüsü kuracağını ifade ediyor. Bunun günlük hayatlarımızı değiştirilebileceğini belirten Doç. Dr. Özgür, “Proteinlerin bize neler söylediğini anladığımızda bugün hayatlarımızı alt üst edebilen kanser gibi hastalıkları, vücudumuzdaki proteinlerin bize söylediklerini okuyarak daha rahat anlayabileceğiz. Aynı DNA’daki bazlarda olduğu gibi temel amino asitlerin de harf olarak karşılıkları mevcut. Proteinleri 20 harften oluşan bir alfabe ile yazılmış metinler olarak düşünebiliriz. Bu harflerin ekibimizle geliştireceğimiz yapay zekâ algoritmaları sayesinde hangi anlamlı kelimeleri, hatta cümleleri oluşturduğunu anlamak istiyoruz. Bu nedenle projemiz sadece bilgisayar mühendisliği değil, moleküler biyoloji gibi birçok farklı alanı da kapsayan disiplinler arası bir yapıya sahip” diyor.
Doç. Dr. Arzucan Özgür kimdir?
Boğaziçi Üniversitesi Metin Analitiği ve Biyoenformatik Araştırma Laboratuvarı’nın (TABILAB) kurucu üyeleri arasında yer alan Doç. Dr. Özgür, doktora derecesini 2010’da ABD Michigan Üniversitesi’nde bilgisayar bilimi ve mühendisliği, lisans ve yüksek lisans derecelerini ise sırasıyla 2002 ve 2004 yıllarında Boğaziçi Üniversitesi’nde bilgisayar mühendisliği alanında aldı. Araştırma alanları biyoenformatik ve doğal dil işlemesi olan bilim insanı, Bilim Akademisi Genç Bilim İnsanı Ödülü (BAGEP 2016), Türkiye Bilim Akademisi Üstün Başarılı Genç Bilim İnsanı Ödülü (TÜBA-GEBİP 2019) ve Boğaziçi Üniversitesi Vakfı (BÜVAK) Araştırmada Üstün Başarı Ödülü’nü de layık görüldü. Doç. Dr. Arzucan Özgür 2011’den itibaren Boğaziçi Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi olarak akademik çalışmalarını sürdürüyor.
Kaynak: Boğaziçi Üniversitesi
